{rfName}
Id

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

48

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Calle AAutor o coautor

Compartir

7 d’agost de 2023
Publicacions
>
Article
Sí

Identification and Characterization of DAMs Mutations Associated With Early Blooming in Sweet Cherry, and Validation of DNA-Based Markers for Selection

Publicat a: Frontiers In Plant Science. 12 621491- - 2021-07-08 12(), DOI: 10.3389/fpls.2021.621491

Autors: Calle, Alejandro; Grimplet, Jerome; Le Dantec, Loick; Wunsch, Ana

Afiliacions

Ctr Invest & Tecnol Agroalimentaria Aragon, Unidad Hortofruticultura, Zaragoza, Spain - Autor o coautor
Univ Bordeaux, INRAE, Biol Fruit & Pathol, UMR 1332, Villenave Dornon, France - Autor o coautor
Univ Zaragoza, Inst Agroalimentario Aragon IA2, CITA, Zaragoza, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

Dormancy release and bloom time of sweet cherry cultivars depend on the environment and the genotype. The knowledge of these traits is essential for cultivar adaptation to different growing areas, and to ensure fruit set in the current climate change scenario. In this work, the major sweet cherry bloom time QTL qP-BT1.1(m) (327 Kbs; Chromosome 1) was scanned for candidate genes in the Regina cv genome. Six MADS-box genes (PavDAMs), orthologs to peach and Japanese apricot DAMs, were identified as candidate genes for bloom time regulation. The complete curated genomic structure annotation of these genes is reported. To characterize PavDAMs intra-specific variation, genome sequences of cultivars with contrasting chilling requirements and bloom times (N = 13), were then mapped to the 'Regina' genome. A high protein sequence conservation (98.8-100%) was observed. A higher amino acid variability and several structural mutations were identified in the low-chilling and extra-early blooming cv Cristobalina. Specifically, a large deletion (694 bp) upstream of PavDAM1, and various INDELs and SNPs in contiguous PavDAM4 and -5 UTRs were identified. PavDAM1 upstream deletion in 'Cristobalina' revealed the absence of several cis-acting motifs, potentially involved in PavDAMs expression. Also, due to this deletion, a non-coding gene expressed in late-blooming 'Regina' seems truncated in 'Cristobalina'. Additionally, PavDAM4 and -5 UTRs mutations revealed different splicing variants between 'Regina' and 'Cristobalina' PavDAM5. The results indicate that the regulation of PavDAMs expression and post-transcriptional regulation in 'Cristobalina' may be altered due to structural mutations in regulatory regions. Previous transcriptomic studies show differential expression of PavDAM genes during dormancy in this cultivar. The results indicate that 'Cristobalina' show significant amino acid differences, and structural mutations in PavDAMs, that correlate with low-chilling and early blooming, but the direct implication of these mutations remains to be determined. To complete the work, PCR markers designed for the detection of 'Cristobalina' structural mutations in PavDAMs, were validated in an F-2 population and a set of cultivars. These PCR markers are useful for marker-assisted selection of early blooming seedlings, and probably low-chilling, from 'Cristobalina', which is a unique breeding source for these traits.

Paraules clau

bloomingbreedingcandidate geneschill requirementchilling requirementdamsdormancyexpressiongene expression regulationheat requirementsnon-coding genepeachpersica l. batschphenological traitspyrus-pyrifoliautrsBloomingBreedingChill requirementDamsGene expression regulationMads-box genesNon-coding genePrunus avium lUtrs

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Frontiers In Plant Science a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició 20/239, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-12-14:

  • Google Scholar: 17
  • WoS: 10
  • Europe PMC: 8

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-12-14:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 17.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 17 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 1.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 2 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: France.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (CALLE CALDERON, ALEJANDRO) .

Reconeixements vinculats a l’ítem

This work had been funded by Spanish Government Ministerio de Ciencia e Innovacion Agencia Estatal de Investigacion (AEI) (project PID2019-103985RR-I00); Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria y Alimentaria (INIA) (projects RTA2015-00027-00-00 and RFP2015-00015-00-00); and FEDER funds. Addiccional funding was obtained from Grupo de Investigacion de la Comunidad de Aragon A12-17R (Fruticultura. Caracterizacion, Adaptacion y Mejora Genetica) of Departamento de Innovacion, Investigacion y Universidad (Gobierno de Aragon). AC was funded by Departamento de Innovacion, Investigacion y Universidad, Gobierno de Aragon, and by the Ph.D. program Subvenciones destinadas a la contratacion de personal investigador en formacion 2015-2019.