{rfName}
Di

Indexat a

Llicència i ús

Licencia Icono OpenAccess

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Castanera, RAutor o coautor

Compartir

18 dedesembre de 2025
Publicacions
>
Article
Sí

Differential LTR-retrotransposon dynamics across polyploidization, speciation, domestication, and improvement of cotton (Gossypium)

Publicat a: Genome Biology. 26 (1): 369- - 2025-10-27 26(1), DOI: 10.1186/s13059-025-03837-7

Autors:

Campos-Dominguez, L; Castanera, R; Grover, CE; Wendel, JF; Casacuberta, JM
[+]

Afiliacions

Iowa State Univ, Dept Ecol Evolut & Organismal Biol - Autor o coautor
IRTA, Genom & Biotechnol, Campus UAB,Edif CRAG, Bellaterra 08193 - Autor o coautor
UB, UAB, Ctr Res Agr Genom, CSIC,IRTA,CRAG, Campus UAB, Cerdanyola del Valles - Autor o coautor
Veure més

Resum

BackgroundTransposable elements are major components of plant genomes and major drivers of plant genome evolution. The cotton genus (Gossypium) is an excellent evolutionary model for polyploidization, speciation, domestication, and crop improvement. Here, we implement genome and pangenome analyses to study in detail the dynamics of LTR-retrotransposons during the cotton evolution.ResultsWe show that some LTR-retrotransposon lineages amplified in tetraploid cotton compared to their diploid progenitors, whereas others stayed stable or amplified but were removed through solo-LTR formation. Using species-level pangenomes we show that only a few lineages (CRM, Tekay, Ivana, and Tork) remained active after polyploidization and are still transposing. Tekay and CRM elements have re-shaped the centromeric and pericentromeric regions of tetraploid cottons in a subgenome specific manner, through new insertions but also selective eliminations through solo-LTR formation. On the other hand, Ivana and Tork have actively inserted within or close to genes affecting their expression. Finally, population-level analyses using the two pangenomes and data from 283 and 223 varieties of G. hirsutum and G. barbadense reveal changes in Transposon Insertion Polymorphism frequencies accompanying domestication and improvement of both species, suggesting the possibility of selection on linked regions.ConclusionsOur findings reveal that LTR-retrotransposon lineages followed differential dynamics during cotton evolution, displaying differences among species and the two coresident genomes of allopolyploid cotton. A handful of the LTR-retrotransposon lineages that expanded after polyploidization helped shape the genomes of both G. hirsutum and G. barbadense, impacting their centromere and pericentromeric regions as well as protein-coding genes.
[+]

Paraules clau

Allopolyploid plantsEvolutionEvolutionary genomicsGenome expansionPangenomeRetrotransposonRevealsSizeSolo-ltrTip (transposon insertion polymorphism)Transposable elementsWild

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Genome Biology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2025, es trobava a la posició 7/192, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Genetics & Heredity. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-04:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 5.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 5 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 6.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.12327/4902
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Campos-Dominguez, L) i Últim Autor (Casacuberta, JM).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat Campos-Dominguez, L i Casacuberta, JM.

[+]

Observacions

MICINN/Programa Estatal para impulsar la investigación científico-técnica y su transferencia/PID2022-143167NB-I00/ES/Los Transposones, un motor de la evolución de los genomas de plantas/; FEDER/ / /EU/ /; EC/H2020/945043/EU/Agricultural Genomics Transversal Postdoctoral Program/AgenT; MICIU/Programa Estatal de generación del conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema I+D+I/CEX2019-000902-S/ES/ /; MICINN/ /RYC2022-037459-I/ES/ /; ESF+/ / /EU/ /
[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This work was supported by PID2022-143167NB-I00 grant funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033 and by ERDF/EU to JC. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement No 945043 through the Postdoctoral Fellowship awarded to L.C.-D. by the AGenT H2020-MSCA-COFUND-2019 programme co-funded by the grant CEX2019-000902-S funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033. RC’s work was supported by his Ramón y Cajal fellowship (RYC2022-037459-I) funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033 and by ESF +. We acknowledge support on cotton research and polyploidy from the National Science Foundation, and we would also like to acknowledge Iowa State University Research IT for computational support.
[+]