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Castanera, RAutor o Coautor

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18 de diciembre de 2025
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Artículo

Differential LTR-retrotransposon dynamics across polyploidization, speciation, domestication, and improvement of cotton (Gossypium)

Publicado en: Genome Biology. 26 (1): 369- - 2025-10-27 26(1), DOI: 10.1186/s13059-025-03837-7

Autores:

Campos-Dominguez, L; Castanera, R; Grover, CE; Wendel, JF; Casacuberta, JM
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Afiliaciones

Iowa State Univ, Dept Ecol Evolut & Organismal Biol - Autor o Coautor
IRTA, Genom & Biotechnol, Campus UAB,Edif CRAG, Bellaterra 08193 - Autor o Coautor
UB, UAB, Ctr Res Agr Genom, CSIC,IRTA,CRAG, Campus UAB, Cerdanyola del Valles - Autor o Coautor
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Resumen

BackgroundTransposable elements are major components of plant genomes and major drivers of plant genome evolution. The cotton genus (Gossypium) is an excellent evolutionary model for polyploidization, speciation, domestication, and crop improvement. Here, we implement genome and pangenome analyses to study in detail the dynamics of LTR-retrotransposons during the cotton evolution.ResultsWe show that some LTR-retrotransposon lineages amplified in tetraploid cotton compared to their diploid progenitors, whereas others stayed stable or amplified but were removed through solo-LTR formation. Using species-level pangenomes we show that only a few lineages (CRM, Tekay, Ivana, and Tork) remained active after polyploidization and are still transposing. Tekay and CRM elements have re-shaped the centromeric and pericentromeric regions of tetraploid cottons in a subgenome specific manner, through new insertions but also selective eliminations through solo-LTR formation. On the other hand, Ivana and Tork have actively inserted within or close to genes affecting their expression. Finally, population-level analyses using the two pangenomes and data from 283 and 223 varieties of G. hirsutum and G. barbadense reveal changes in Transposon Insertion Polymorphism frequencies accompanying domestication and improvement of both species, suggesting the possibility of selection on linked regions.ConclusionsOur findings reveal that LTR-retrotransposon lineages followed differential dynamics during cotton evolution, displaying differences among species and the two coresident genomes of allopolyploid cotton. A handful of the LTR-retrotransposon lineages that expanded after polyploidization helped shape the genomes of both G. hirsutum and G. barbadense, impacting their centromere and pericentromeric regions as well as protein-coding genes.
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Palabras clave

Allopolyploid plantsEvolutionEvolutionary genomicsGenome expansionPangenomeRetrotransposonRevealsSizeSolo-ltrTip (transposon insertion polymorphism)Transposable elementsWild

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genome Biology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición 7/192, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 5.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 5 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 6.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.12327/4902
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Campos-Dominguez, L) y Último Autor (Casacuberta, JM).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido Campos-Dominguez, L y Casacuberta, JM.

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Observaciones

MICINN/Programa Estatal para impulsar la investigación científico-técnica y su transferencia/PID2022-143167NB-I00/ES/Los Transposones, un motor de la evolución de los genomas de plantas/; FEDER/ / /EU/ /; EC/H2020/945043/EU/Agricultural Genomics Transversal Postdoctoral Program/AgenT; MICIU/Programa Estatal de generación del conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema I+D+I/CEX2019-000902-S/ES/ /; MICINN/ /RYC2022-037459-I/ES/ /; ESF+/ / /EU/ /
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Reconocimientos ligados al ítem

This work was supported by PID2022-143167NB-I00 grant funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033 and by ERDF/EU to JC. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement No 945043 through the Postdoctoral Fellowship awarded to L.C.-D. by the AGenT H2020-MSCA-COFUND-2019 programme co-funded by the grant CEX2019-000902-S funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033. RC’s work was supported by his Ramón y Cajal fellowship (RYC2022-037459-I) funded by MICIU/AEI/10.13039/501100011033 and by ESF +. We acknowledge support on cotton research and polyploidy from the National Science Foundation, and we would also like to acknowledge Iowa State University Research IT for computational support.
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